Клебер Сантана перешел в Атлетико в 2007 году из Сантоса за 8 млн евро. Он сыграл за Атлетико 38 матчей, а на следующий год был отправлен в аренду в Мальорку. Там Сантана провел еще 37 игр. В начале 2010 года хавбек был продан в Сан-Паулу.

За Шапекоэнсе Сантана выступал с 2015 года и успел за это время провести 62 игры.

Клебер оказался одним из 76 человек, которые погибли в катастрофе.