Мюллер дебютировал за Баварию в августе 2008 года. В 2009 команду возглавил Луи ван Гаал, при котором Мюллер стал игроком основы мюнхенцев.

"Если говорить о том, кто оказал на меня наибольшее влияние, то я должен назвать Луи ван Гаала. Я дебютировал до его появления в Баварии, однако именно ван Гаал постоянно доверял мне", — заявил Томас.

"Действующим футболистам всегда сложно говорить о тренерах, вне зависимости от того, бывшие они или нынешние. Тяжело сказать, кто из тренеров был лучшим. А вот больше всего повлиял ван Гаал, потому что я тогда был в наиболее подходящем для этого возрасте".

В текущей кампании на счету Мюллера 11 матчей во всех турнирах за Баварию. В них Томас забил 3 гола и сделал 3 ассиста.