Бадштубер является выпускником академии Баварии. В главной команде мюнхенцев он провел 7 лет, так и не сумев стабильно заиграть в основном составе. Начало карьеры Хольгера было многообещающим и успешным, однако постоянные серьезные травмы привели к тому, что с сезона 2012-2013 Бадштубер за 4 года сыграл всего 30 матчей в Бундеслиге.

Прошлый сезон Бадштубер провел в аренде в Шальке, однако и там травмы продолжали преследовать его, из-за чего бек сыграл за кобальтовых лишь 10 матчей в чемпионате Германии.

Несмотря на столь высокую травматичность, в игрока по-прежнему верит Штутгарт. Как сообщает Kicker, в ближайшее время швабы официально объявят о подписании Хольгера, который перейдет к ним в статусе свободного агента.

28-летний защитник также имел предложение от московского Спартака, однако предпочел проигнорировать данный вариант.