За свою богатую спортивную карьеру Джонатан успел поиграть в таких клубах как Кальяри, Рома, Ювентус и Брешиа. Последним пристанищем 33-летнего футболиста был Брест, в составе которого Зебина завоевал званию одного из лучших защитников прошлого чемпионата Франции.
 
По информации Lequipe, в ближайшие дни Зебина подпишет двухлетний контракт с Тулузой. Финансовая сторона сделки остается неизвестной.