Большую часть отборочного цикла чемпионата мира 2014 года 49-летний специалист был помощником венгерского тренера Чобо Ласло. В сентябре венгр освободил свою должность, и исполняющим обязанности был назначен Панкратьев.
 
Федерация футбола Литвы осталась довольна его работой и потому назначила его наставником сборной до конца квалификации Евро-2016.
 
Прежде бывший игрок Жальгириса Игорь Панкратьев тренировал многие ведущие клубы Литвы, а также молодежную сборную страны.