Анатолий Тимощук подписал контракт с мюнхенской Баварией перед стартом сезона 2009/10. Контракт был заключен по схеме 3+1, что означает, что соглашение может быть продлено на один год по истечении трехлетнего периода, при условии, что в последний (третий) контрактный год, футболист проведет достаточное количество игрового времени на футбольном поле в официальных матчах. 
 
На данный момент это условие выполнено, в текущем сезоне полузащитник Баварии принял участие в 31 матче из 43 общекомандных, что составляет участие в 72% игр мюнхенского клуба, больше чем необходимо. Таким образом, с 1 июля 2012 года, контракт между Баварией и Тимощуком автоматически продлен еще на один год.