Якубу прошел через молодежную академию Аякса и дебютировал за амстердамскую команду 19 апреля 2000 года.

Впоследствии Абубакари в составе столичной команды дважды становился чемпионом Нидерландов и еще один раз обладателем национального кубка.

Всю свою карьеру Якубу провел в Голландии, где, помимо Аякса, выступал за Витесс.

Также Абубакари защищал цвета сборной Ганы с 2002 по 2006 год.

В 2009 году игрок повесил бутсы на гвоздь, завершив профессиональную карьеру игрока.

Накануне Якубу скончался в одной из ганских больниц. Причина смерти пока остается неизвестной.