Себастьян Кель перебрался в Боруссию в 2002-м году из Фрайбурга и поначалу почитался одним из самых многообещающий немецких опорных полузащитников, однако постоянные травмы помешали футболисту в полной мере раскрыть свой потенциал.
 
В составе дортмундцев Кель провел 203 поединка, в которых отличился 18 забитыми мячами.