54-летний чилиец принял Вильярреал в 2004 году, перед тем покинув Ривер Плейт. За это время он успел сперва вывести командву в четвертьфинал Кубка УЕФА, добыть третью строчку в Примере и выйти в Лигу Чемпионов.
 
В первом же сезоне выступлений в ЛЧ "Желтая Субмарина" добралась до полуфинала, лишь волею случая (незабитый Рикельме пенальти) вылетев от Арсенала.
 
В прошлом сезоне клуб Пеллегрини закончил испанский чемпионат на седьмой строчке, квалифицировавшись таким образом в Кубок УЕФА.
 
Пока Вильярреал находится на третьей позиции, уступая мадридскому Реалу 7 очков.