За серьезные аргентинские клубы Мильонико никогда еще не играл, так как пять лет здесь провел, выступав за малоизвестные Хусто Хосе де Уркиса и Эстудиантес из Буэнос-Айрес (не путать с известнейшим Эстудиантесом из Ла-Платы). На родине в Уругвае Мильонико вообще никогда не играл на профессиональном уровне.
 
В Италии же футболист защищал цвета Пьяченцы, Сампдории, Ливорно и в прошлом сезоне Лечче.